El 91% del presupuesto asignado a estos centros educativos se dedica a gasto corriente. En 2019, la asignación prevista en el Presupuesto General del Estado (PGE) para 33 universidades fue de USD 1.464 millones, según el Ministerio de Finanzas. Algunos rectores perciben salarios mucho más altos que el del Presidente de la República.