El archipiélago tiene un régimen especial, conformado por un Consejo de Gobierno, que es presidido por un representante del Presidente. Pero aunque Galápagos no escoge prefecto, sus cantones sí tienen alcaldes.
En las elecciones de 2023 se escogerán 23 prefectos para los próximos cuatro años, a pesar de que Ecuador tiene 24 provincias. Esto se debe a que Galápagos no tiene prefecto, pues funciona bajo un régimen especial.
La Constitución determina en el artículo 242 que los distritos metropolitanos autónomos, la provincia de Galápagos y las circunscripciones territoriales indígenas y pluriculturales serán regímenes especiales.
Por ello, la misma Constitución establece que la administración de Galápagos estará a cargo de un Consejo de Gobierno presidido por el representante de la Presidencia.
Este organismo está integrado por los alcaldes de los municipios de la provincia, representante de las juntas parroquiales y otros funcionarios.
Es decir que, aunque Galápagos no escoge prefecto, sus tres cantones sí escogen alcaldes, y votarán también en estas elecciones de 2023. Los cantones son:
- San Cristóbal.
- Santa Cruz.
- Isabela.
Estos cantones también escogerán concejales urbanos y rurales, y vocales de las juntas parroquiales rurales.
Actualmente, Katherine Llerena es la delegada del Presidente en el Consejo de Gobierno de Galápagos. Está en el cargo desde enero de 2022, y fue nombrada por decreto ejecutivo.