En un estudio inédito, científicos de tres universidades realizan la secuenciación del ADN de las especies que habitan en ecosistemas acuáticos de la Amazonía.
La Amazonía ecuatoriana es una de las áreas con mayor biodiversidad de flora y fauna, y pese a su importancia existen amenazas que ponen en riesgo los ecosistemas de la selva.
Debido a esto, investigadores de la Universidad Ikiam y de la Escuela Politécnica del Litoral (ESPOL), junto con la institución belga Gante Hogent, realizan una secuenciación masiva de las especies acuáticas de la Amazonía.
Julio Bonilla, investigador de la Espol, explica que el estudio primero identifica y evalúa las especies de "anfibios, peces y macroinvertebrados de los ríos amazónicos".
Según Bonilla, la secuenciación del ADN permitirá la identificación de cada especie acuática en un período de tiempo.
El objetivo de este biomonitoreo es detectar los animales invasores y realizar a futuro un código de barras genético de las especies acuáticas.
"El código de barras de ADN es el método estandarizado para la identificación de organismos, que usa una sección específica de su material genético (ADN)", señala Bonilla.
Base de datos actualizada
Por otra parte, Bonilla indica que para obtener el código de cada especie se usan distintas secciones de genes específicos. Así, estas secuencias de ADN se asignan inequívocamente a una determinada especie.
El científico asegura que para lograr éxito es necesario tener una base de datos con la información genética de las especies, y eso es precisamente lo que también busca el proyecto a corto plazo.
El análisis también medirá el impacto de los seres humanos cuando usan el agua de los ríos, es decir el hábitat de las especies en la Amazonía.
El campo es el laboratorio
Para el proyecto en la Amazonía se usan dos técnicas de secuenciación de nueva generación:
- Secuenciación por síntesis de Illumina.
- Tecnología MinION de secuenciación a través de nanoporos de Oxford Nanopore Tech.
Cada tecnología presenta sus ventajas, por ejemplo la secuenciación por Illumina tiene la capacidad de analizar cientos de organismos y muestras en un solo experimento con un alto de grado de especificidad.
Mientras que la tecnología MinION analiza varias muestras en simultáneo, pero con la ventaja de que se lo puede hacer en el campo a través de una secuenciación portátil. Es decir no es necesario volver a un laboratorio o usar equipos complejos.
Muestras tomadas en la Amazonía. Julio Bonilla
"Lo fascinante de la tecnología de secuenciación MinION es su versatilidad, dado que es totalmente portátil y con capacidad de lecturas de ADN en tiempo real, siendo esta una de las fortalezas del proyecto", indican los investigadores de Ikiam.
Añaden que "esto permite trasladar el laboratorio de biología molecular al campo y detectar rápidamente las especies de interés, directamente en el sitio de estudio".
Finalmente, otro de los objetivos de la investigación es dar inicio a las acciones de conservación más efectivas de los ecosistemas acuáticos de la Amazonía.
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