Cuando el sacerdote fue gerente de la Corporación Distrital Aduanera, entre el 2000 y 2003, se emitieron 147 notas de crédito fraudulentas que habrían causado un perjuicio de USD 10 millones al Estado.

El cura fue nombrado por el entonces presidente Gustavo Noboa Bejarano, quien tiempo después dijo que lo hizo con la intención de “moralizar” las Aduanas. Durante el tiempo que el cura ejerció el cargo se habría creado una especie de “túnel” en el aeropuerto Mariscal Sucre, de Quito, por donde salían mercancías sin pagar impuestos.

Al dejar el cargo, Flores poseía varios apartamentos y casas en Quito y en Esmeraldas, cuatro vehículos de lujo y 10 cuentas bancarias con un saldo mayor a USD 300.000. Aparentemente no habría podido justificar los bienes.

Fue acusado de peculado y enriquecimiento ilícito y, en febrero de 2003, huyó a Estados Unidos, de donde creía que no podría ser extraditado por tener el estatus de residente. Allí fue detenido por problemas con su visa y la justicia de estadounidense lo deportó en febrero de 2005. De vuelta al país, Flores fue sentenciado a 12 años de reclusión mayor.

Salió de prisión en febrero de 2009 tras ser absuelto de todo indicio de culpabilidad por el Tribunal IX de Garantías Penales de Pichincha.  La defensa del sacerdote presentó peritajes de una supuesta falsificación de firmas con las que se le imputaron los delitos y un exfiscal de aduanas, que fue su acusador, dijo que la sindicación obedeció a órdenes de sus superiores.

El obispo anglicano Walter Crespo salió de la cárcel el 22 de marzo de 2004, una vez que el presidente subrogante de la Corte Superior de Quito, Pablo Jaramillo, dispuso la libertad tras cumplir con la pena en sentencia de cuatro años con una rebaja de 720 días de la que se benefició mediante el sistema de dos por uno.

En los albores del presente siglo, Crespo fue acusado de tráfico de armas, municiones y explosivos destinados a las Fuerzas Armadas Revolucionarias de Colombia (FARC), un material que había sido dado de baja por las Fuerzas Armadas Ecuatorianas.

Desde el 15 de marzo de 2001 cumplió su condena en el pabellón A, del expenal García Moreno de Quito, donde se dedicó a cooperar con programas educativos para los internos sobre Derecho Penal, Idiomas y Relaciones Humanas.

El 30 de noviembre de 2007, con el respaldo del Movimiento Popular Democrático (MPD), Crespo fue candidato a la Asamblea Constituyente por la provincia de Pichincha y obtuvo 81.000 votos.

Fue impugnado por los principales líderes políticos y religiosos del país porque la elección de un ministro ordenado estaba prohibida por la Constitución Política de 1979, vigente en esa época.

El pastor evangélico Balerio Estacio fue asambleísta de Alianza País. 

Fue uno de los 17 candidatos a la Alcaldía de Guayaquil en las elecciones del 24 de marzo de 2019, con el respaldo del partido FE. En noviembre de 2007 el pastor evangélico Balerio Estacio fue elegido representante a la Asamblea Constituyente, como parte de Alianza PAIS.

Fue apresado el 31 de diciembre de 2010, bajo la acusación de tráfico ilegal de tierras en el norte de Guayaquil.

La detención ocurrió dos días después de que el entonces presidente Rafael Correa lo acusara de ser uno de los responsables de las invasiones de tierras y de realizar cobros ilegales por la supuesta venta de terrenos en los sectores paradójicamente llamados Voluntad de Dios, La Fortaleza y Tierra Prometida.

Estacio argumentó que todas sus actuaciones fueron legales, pero el Octavo Tribunal Penal de la Corte Provincial de Justicia del Guayas lo declaró culpable del delito de tráfico de tierras.

El 25 de septiembre de 2013, la Corte Nacional de Justicia aceptó un recurso de casación y absolvió a Balerio Estacio.

En marzo de 2004 renunció al sacerdocio porque la jerarquía Católica lo obligó a escoger: la política o los hábitos, después de 25 años de vida religiosa y 12 años como sacerdote salesiano.

El padre Delgado era conocido por sus proyectos sociales, entre ellos ‘Chicos de la calle’, dirigió además el centro de alfabetización de adultos.

Posteriormente, fue catedrático universitario y fue prorrector de la Politécnica Salesiana.

En 2007 fue candidato a la Asamblea Constituyente por el movimiento Polo Democrático, pero no tuvo suerte. Un año después llamó a votar por el No en el referéndum convocado para aprobar la Constitución de Montecristi.  

En 2007, el cura cuencano Fernando Vega se despojó de su condición de sacerdote para convertirse en asambleísta por Alianza PAIS. Como miembro de esa tienda política, respaldó la Constitución de Montecristi aprobada en referéndum un año después.

Sin embargo, al poco tiempo se convirtió en duro contradictor del expresidente Rafael Correa y pidió ser readmitido en el sacerdocio.

En varios escritos y entrevistas Vega ha señalado el carácter “sectario” de la llamada revolución ciudadana y ha dicho que la estructura de esa organización impidió una verdadera lucha contra la corrupción.

También ha cuestionado con firmeza el control total que ejerció Rafael Correa sobre la Asamblea Nacional, el Sistema de Justicia y el Consejo de Participación Ciudadana.