El 16 de junio de 1985, el jugador nacido en Ibarra anotó su primer gol como futbolista profesional. Ese día, su equipo, el Deportivo Quito le ganó al 9 de octubre por 4 a 2 en el estadio Modelo de Guayaquil.
Álex Aguinaga apareció muy pronto en el fútbol profesional. Con apenas 16 años, el mediocampista debutó como profesional en el Deportivo Quito. Ocurrió el 16 de agosto de 1984, en un partido ante Técnico Universitario.
Ese día, Aguinaga reemplazó a una figura del equipo de la Plaza del Teatro: Alfredo Encalada. Ese partido se jugó en el estadio Olímpico Atahualpa y el entrenador era Carlos Sevilla.
Y 10 meses después, Aguinaga ya marcó su primer gol como profesional, en un partido del equipo azulgrana ante el 9 de Octubre, en el estadio Modelo de Guayaquil.
Con apenas 17 años, el mediocampista ya era titular. Ese día, el Deportivo Quito alineó con: Federico Lara; Adalberto Angulo, Washington Valdez, Galo Ocampo, Alfredo Encalada; Eduardo Luna, Enrique Panchi, Álex Aguinaga, Freddy Barreto (Marco Villarroel); Dardo Pérez (José Páez) y Gabriel Yépez.
Aguinaga defendió la camiseta azulgrana durante seis temporadas, antes de marcharse al Necaxa de México y convertirse en ídolo de los 'Rayos'.
Después de 15 años en el fútbol mexicano (Necaxa 1989-2003 y Cruz Azul 2003), Álex Aguinaga finalmente regresó a Ecuador a jugar en Liga de Quito, donde logró el título de campeón nacional en 2005.
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