El 'Capi Zapata' iba a salir del país el 3 de junio, pero fue asesinado un día antes en Manabí, donde solo se resuelve el 10% de homicidios
El 2 de junio se cumplirá un año del crimen del ‘Capi Zapata’ en Manta. Las investigaciones apuntaban a represalias por su cercanía con el extinto líder de Los Choneros, alias ‘Rasquiña’. Su nombre fue mencionado en informes sobre la visita del presidente colombiano Gustavo Petro.

La Policía resguardó el ingreso al cementerio de Manta donde fue asesinado el empresario Juan José Francisco Fernández Zapata, el 2 de junio de 2025.
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Las alertas están vigentes sobre los crímenes de capitanes de barcos en Manabí, sobre todo en Manta, y las autoridades apuntan a que los casos están ligados al narcotráfico internacional. Sin embargo, de los siete casos registrados en los últimos dos años, ninguno ha sido resuelto.
En la actualidad, la Fiscalía General del Estado mantiene una investigación por el crimen de Juan José Francisco Fernández Zapata, conocido como 'Capi Zapata', quien fue asesinado el 2 de junio de 2025. La denuncia reposa en la unidad de Personas y Garantías de la ciudad de Manta.
De hecho, el nombre del 'Capi Zapata' se ha mantenido vigente tras la cuestionada visita del presidente colombiano Gustavo Petro a Manta, efectuada días antes del asesinato, ya que se especulaba que el mandatario se hospedó en una casa que le pertenecía a Fernández, en la urbanización Marina Blue. Sin embargo, informes de inteligencia policial y militar de Ecuador lo descartaron.
Pero esta y otras investigaciones de los capitanes de barco acribillados son causas reservadas por la complejidad de los casos, ya que se busca proteger y garantizar la seguridad de los investigadores y del proceso.
Según información de la fuerza pública, en la provincia, entre 2023 y 2025, no más del 10% de las muertes violentas se llegaron a resolver cada año. La Policía sostiene que esto de debe a varios factores que traban o alargan los procesos investigativos, como la corrupción, déficit de personal para investigar, falta de tecnología, entre otros.
Una fuente policial agregó que, por ejemplo, la industria del delito se ha instaurado en Manta "porque es un negocio rentable que ha captado a policías, militares, jueces y hasta fiscales". Para la Policía, miembros de estructuras criminales se han infiltrado en áreas como la pesca, el comercio y la transportación.
Desde 2024, al menos siete capitanes de barcos han sido asesinados a disparos en la ciudad de Manta y las autoridades policiales coinciden en que, en algunos casos, los crímenes ocurren por represalias, debido a que se niegan a ser parte de la transportación o logística para movilizar la droga y, en otros, por algún "mal negocio” o porque una agrupación contraria los “eliminó”.
Según las estadísticas oficiales, el 90% de las muertes violentas en la provincia está relacionado con el narcotráfico.
Un crimen selectivo
Juan José Francisco Fernández Zapata, también conocido como ‘Capi Zapata’, fue asesinado a los 51 años de edad en el Camposanto Jardines del Edén en Manta, cuando visitaba la tumba de su padre junto a otros familiares.
El día del crimen, el empresario llegó hasta el cementerio en un carro blindado y los sicarios debieron esperar a que estuviera en un lugar visible y sin protección para atacarlo.
Información policial indica que tres sujetos que se trasladaban a bordo de un vehículo tipo automóvil marca Cherry, color blanco, llegaron al lugar acompañados por otros dos sujetos que iban en una motocicleta, quienes dispararon a Fernández Zapata.
Luego, los atacantes abandonaron la escena. En el lugar, unidades de la Policía Nacional levantaron 13 casquillos de balas calibre 9 milímetros.

Un viaje que no se hizo
Además, la Policía dijo a PRIMICIAS que, durante las entrevistas, los familiares del ‘Capi Zapata’ dijeron que el empresario tenía un viaje programado para el 3 de junio a Estados Unidos y que tenía doble nacionalidad -peruana y ecuatoriana-. Es decir, lo asesinaron un día antes del viaje previsto.
La víctima no tenía antecedentes judiciales ni penales y era conocido en el mundo empresarial. Por ejemplo, figuraba como presidente de la compañía Aletamarilla S.A., dedicada a la pesca. También era socio de Manta Yacht Club.
Además era propietario de varias embarcaciones, entre ellas del buque atunero 'Doña Nancy'. Además, en el portal de la Alcaldía de Manta, a su nombre hay 11 propiedades en distintos puntos de la ciudad, entre esas dos casas en la urbanización ‘Marina Blue’.
Hasta 2025, no existía ninguna investigación relacionada a los bienes o a las actividades de la víctima, quien ejercía servicios relacionados con la pesca de mar y de agua dulce y con criaderos de peces y granjas piscícolas.
La fuerza pública ha asegurado que el asesinato del ‘Capi Zapata’, que aparece en una fotografía junto al también capitán de barco y empresario pesquero Eduardo Salvador Mera Cedeño (asesinado) y con Jorge Luis Zambrano González, alias 'JL' o 'Rasquiña', extinto líder de la estructura criminal Los Choneros, fue ordenado por Los Lobos.

En los últimos años, Lobos y Choneros se disputan las rutas marítimas para enviar cocaína a los mercados internacionales. Esa podría ser una de las motivaciones del crimen del 'Capi Zapata'. La otra línea investigativa que maneja la Policía es que la cercanía con alias ‘Rasquiña’ podría ser el motivo por el que Los Lobos liquidaron a Fernández Zapata y a Mera Cedeño.
A menos de 30 días de que se cumpla un año del crimen del ‘Capi Zapata’ aún no hay detenidos y las autoridades tampoco han podido establecer si él cumplía algún tipo de rol dentro de actividades ilícitas.
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